リズムトレーニングでは足でカウントを取る事を推奨しています。
自分はギターを習い始めた時から足でカウントする事を徹底してやっていたけれど、教え始めてからはほとんどの人が足でカウントをする癖がついていない事に気がつき、レッスンでリズムを取る練習をしています。
メトロノームを使い足カウントをする事で、リズムがズレたらすぐわかりますし、ズレたものを修正する癖がつくので経験を重ねるとリズムの安定感が増してきます。
ピアノやドラムなど足でカウントができない楽器もありますが、そういう場合は楽器を離れリズムトレーニングのみを行うといいでしょう。(リズムトレーニングの時は楽器はむしろ邪魔)
4/4や4小節、8小節の長さを数えるのではなく感覚で捉えられるまでやった方がいいです。
以前書いた無意識のレベルまで習熟しないと実践では使えません。
その際、リズムの中心になるのはフレーズではなく足カウントと口カウントになります。
http://gtmaxx.com/GTM/無意識で出来ないと使えない/